История аниме «Би: Начало» разворачивается в мире, который смог достичь больших успехов в области развития технологий и компьютерных сетей, а также открыть архипелажную нацию Кремона. Главному герою Коку и Киту, являющемуся легендарным следователем королевской полиции RIS, предстоит разобраться с таинственной преступной организацией.
Однако, помимо преступной группировки, городу угрожает ещё нечто страшное, а именно череда таинственных и жестоких серийных убийств, на месте которых можно обнаружить подпись убийцы «Би», чью личность, а также цель преступлений и необходимо будет раскрыть героям.